Náměty čerpal nejčastěji z dávné historie, mytologie , bájí a pověstí , a to nejen českých, ale i francouzských nebo ruských . Jeho poezie je převážně epická a má často nostalgický ráz. Ve svém literárním díle, ať už se jedná o prózu či poezii, si vysnil vlastní svět, který měl s realitou jen málo společného. Tento fiktivní svět byl i se svými hodnotami a pravidly pravým opakem tehdejšího provinciálního českého maloměšťáctví , se kterým přicházel Zeyer denně do styku a které tolik nenáviděl. V jeho díle se také často objevuje motiv silného, citového přátelství mezi muži (např. Román o věrném přátelství Amise a Amila ) a až eroticky laděné popisy krásy mladých mužů (např. Vyšehrad, úvod Ondřeje Černyševa nebo postava Inulta ze Tří legend o krucifixu). Na základě těchto faktů a pečlivého rozboru jeho díla došla řada literárních vědců a historiků k závěru, že Julius Zeyer byl s největší pravděpodobností homosexuál či snad bisexuál . Této teorii nasvědčuje i Zeyerova osobní korespondence, v níž se opakovaně zmiňuje o jakémsi svém velkém a strašném tajemství, o svých pocitech osamělosti, smutku a vyděděnosti ze společnosti. Pravdou je také to, že se nikdy neoženil a není ani známo, že by měl vážný partnerský vztah se ženou. Mezi jeho velmi blízké přátele však patřilo hned několik žen, s nimiž si velmi dobře rozuměl – zde je třeba zmínit především Annu Marii Stoneovou, slečnu Kershawovou nebo Annu Lauermannovou Mikschovou .